Nawet w środowisku naturalnym istnieje wiele czynników które sprawiają, że woda staje się zanieczyszczona. Zanieczyszczenia są naturalnym efektem obecności w niej żywych istot, takich jak rybki. Jednocześnie jednak w przyrodzie istnieją zbiorniki otwarte, w których woda podlega ciągłej wymianie. Problem jest o wiele znaczniejszy w przypadku akwarium. Każdy miłośnik akwarystyki musi na różne sposoby radzić sobie ze wszystkim zanieczyszczeniami, tym bardziej, że w tym przypadku dochodzi jeszcze fakt stosowania różnych substancji chemicznych.
Trzeba przede wszystkim nieustannie monitorować stan wody w akwarium i sprawdzać, czy panuje tam odpowiednia równowaga. Idealny balans jest niezbędny w każdym ekosystemie, zaś jego zaburzenie może doprowadzić do tragicznych skutków. Sama regularna podmiana wody w akwarium nie wystarczy do całkowitego rozwiązania problemu zanieczyszczeń, choć jest oczywiście bardzo ważna. Niezwykle pomocne może być tu działanie węgla aktywnego lub wielu innych środków tego typu dostępnych na rynku. Dzięki odpowiedniemu filtrowaniu wody można stworzyć w akwarium faktycznie przyjazne środowisko do życia.